南京临时政府成立后，一九一二年一月十一日徐被任命为南京🗞🜮🅟卫🌎戍总督。
南京🕖🉡临时政府曾以八厘公债十万元巨款奖酬徐绍桢。徐提出一万元为女子北伐结束🛠🝵费，一万四千元为《民立报🃥🙸》补助费，其余一概缴还归公，他还将南京的住宅献给国家，以清廉自励。
同年四月，袁世凯为笼络人心，委任徐为参谋总长，徐对袁世凯的倒行逆施极为愤慨，坚辞不📞🛻就，自请解除兵权赴上海就医。
袁后又两次电请任仓场总督，授以军政、盐政、税务、外交四权，徐均断然拒绝。九月，陆军总长段祺瑞以徐光复金陵，功绩显赫，呈请袁世凯🞠🕤授以勋位，徐亦固辞不受。随后因反对袁世凯称⛽☒⚡帝而遭迫害，徐绍桢被🐲迫流亡日本，隐居神户。直至袁死后始返国。
民国六年七月，孙中山南下护法，在广州成立军政府，徐应孙🗞🜮🅟之邀，由沪至穗，共同护法。
一九二三年二月二十三日，孙发布大元帅命令：“桂军总司令沈鸿英着将所率全部移驻肇庆，所遗北江一带防地，着滇军总司令杨希闵迅即派队接防，西路讨🜅贼军总司令刘震寰所🞀👂部，着驻石门、东莞、虎门各地；东路讨贼军第四师长石春荣所部移驻罗定等地，此外各部队，就现在地点驻扎，自经此规定后，各部军队非奉本大元帅命令，不得擅自移动，致滋纷扰。”
大本营成立后，孙首先致力于裁兵工作。先调查各军实数，限于三月二十日前，将该军🃄🕑营数和驻扎地点，造具军官姓名、履历及兵士名册，呈报大元帅府。由大元帅派员分赴各军驻在地，逐一点验，倘有虚额不准再招，而老弱无枪支者，则一律裁汰。
三月二十日孙发表“😩裁兵之重要与处置方🞺🙊法🔕🀛♉。”
孙🙍🅵此番回粤，对外方面则力求西南各省步调一致，几经磋商，乃与唐继尧、刘成勋、熊成武、赵恒惕、谭延闿、刘显世等西南领袖联名通电，宣告对西南时局之意见。
内称：“我西南各省，决🙳以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合。分灾恤患，📞🛻载之简书，外间内谗，一切勿受。兵为防守，不为争夺，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主⛽☒⚡旨。其他各省有被直系蹂躏，颇同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也。”
三月二十二日，孙任命赵🙳士北为大理院长。二十六日派🗚🜌谢持为全权代表，执行中国国民党本部党务事宜。二十九日任命杨希闵为中央直辖滇军总司令，刘震寰为中央直辖西路🈱讨贼军总司令。
三月二十八日，沈鸿英电称遵🌇☪照大元帅命令，移防西江，设司令部于肇庆。
四月三日，孙把陆海军大🙳元帅府由农林试验场迁至水泥厂。
前边提到，孙主张先裁兵再谋全国统一的计划，曾获黎元洪、张绍😽🔇曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。
不过张绍曾认为裁兵问题必须召集全国性的军事会📒🚖议才能解决，所以他仍🅉🄯🁄主张先召开“国事协议会”解决统一问题。
黎、张两人本来打算派代表到上海与孙商讨实现和平统一的具体办法，不料民国十二年一月二十六日，广州发生了沈鸿英的江防事变，张绍曾错误地🆉🍭估计了形势，以为孙在南方已没有实力，已经无足轻重，因此🞚🔪🃞所派代表临时中止出发。
一月八日张绍也曾有电给西南各省，主张和平统一，然广东和福建接下来发生的一系列事件，与🈸张绍曾的愿望背道而驰。
吴佩孚催促孙传芳迅速带兵入闽，进🖂🏰攻讨🞺🙊贼军👶🍓，以解救陈炯明的危机。
民国十二年一月七日，孙传芳部开到赣东🞺🙊，准备进入福建。只是接下来是一月十五日陈炯明在广东失败，李厚基也在这一天取道汕头出走，北京所派🆉🍭“援闽军”常德盛部也由🈱闽西败退到杉关。
卢永祥暗中接济王永泉、臧致平的军火📆😥军饷，许崇智、王永泉、臧致平、李福林等联名通电反对直系派兵入闽，孙传芳在不利的形势下只好屯兵不前。
一月二十二日北京政府下令撤销讨贼军总司令，李厚基调回北京另候任用，福建督军一缺裁🎍撤，王永泉的通辑令取消，“援闽军”停止前进，所有福建境内主客各军善后事宜，责成萨镇冰、刘冠雄、孙传芳协同办理。