木叶村的权利机构上，构建十分简陋。
村子没有自己的后勤部门，整个村子以战备为主。
主要分为六大部门，分别为行政部，暗部，医疗部，教育部，审讯部及木叶警务部。
其中以行政部权利最大，暗部结构最为复杂、机密。
教育部十分重要，负责忍者学校及下忍培养。
审讯部包括有监狱跟拷问，同时还负责培养相关技术的中忍。
医疗部包括有木叶医院及急救班，同时还负责培养医疗忍术的中忍。
木叶警务部全部由宇智波管理，喜欢权利的宇智波从来没有想过将这个部门向村子的其他忍者开放。
只有宇智波的族人，才能够加入木叶警务部。
同时，警务部的徽章上，还刻画有宇智波家族的族徽。
行政部下属机构很多，但最顶层的构成十分简单。
由四名木叶高层构成，人数简单。
一位火影加上三位木叶长老，同时也称之为火影辅佐。
这四位高层，决定关系整个村子的议题。
同时，三位火影辅佐共同反对的事件，就连火影也无法强行执行。
这个长老团，在三代火影继任后成立。
原本是团结二代目火影留下的遗产，共同完成二代目火影的遗志，将村子发扬光大。
配合三代目火影，整合村子资源势力，平衡各个忍族之间的实力。
但随着三代目逐渐掌权，这个长老团成为制约三代火影最大的力量。
并将原本只属于火影一个人的权利，分为两份乃至三份，大大的降低火影的权威。
不同的权利分散，会出现不同的声音。